Überprüfen ob mcrypt.ini hier zu finden ist:

/etc/php5/conf.d/mcrypt.ini
/etc/php5/mods-available/mcrypt.ini

Nicht?

# ln -s /etc/php5/conf.d/mcrypt.ini /etc/php5/mods-available

Ansonsten oder danach:

# php5enmod mcrypt
# service apache2 restart