Diese Kombination kann gefährlich werden.
IntelliJ speichert unglaublich tiefe Verzeichnisstrukturen, die beim Logon wegen zu langen Dateinamen nicht mehr vom Server auf den Client kopiert werden können. Also kein aktuelles Benutzerprofil und Windows baut sich sein eigenes temporäres – ohne IntelliJ, Codeindex, usw.
Btw. können die Configs leicht mal bis zu 3-4GB groß werden … das macht Spass beim Logon.

Um die beiden Verzeichnisse an einen sinnvollen Ort zu verlegen ändere man in

C:\Programme\JetBrains\IntelliJ IDEA 8.1.3\bin\idea.properties

die drei Einträge in denen auf dass Homedirectory referenziert wird in sowas wie

# path to IDEA config folder. Make sure you’re using forward slashes

idea.config.path=D:/Configs/.IntelliJIdea80/config

# path to IDEA system folder. Make sure you’re using forward slashes

idea.system.path=D:/Configs/.IntelliJIdea8x/system

# path to user installed plugins folder. Make sure you’re using forward slashes

idea.plugins.path=D:/Configs/.IntelliJIdea80/config/plugins

Bonustipp:

Ähnliches gilt für das Grails Workdir. Dieses verlegt man am besten indem man in

$GRAILS_HOME\bin\startGrails(.bat)

an die JAVA_OPTS noch dieses Argument anhängt:

-Dgrails.work.dir=“\path\to\new\.grails\1.1.1″